La institucionalidad gubernamental es el Consejo Nacional de Implementación de la Agenda 2030, creado en 2016, el cual está actualmente conformado por el Ministerio de Relaciones Exteriores (MINREL) que lo preside, el Ministerio de Desarrollo Social y Familia (MDSF), Ministerio Secretaría General de la Presidencia (SEGPRES), Ministerio de Economía, Fomento y Turismo y Ministerio del Medio Ambiente. Para cumplir sus funciones, el Consejo cuenta con un Grupo Intersectorial, integrado por las subsecretarías de cada uno de los ministerios que componen el Consejo Nacional; una Secretaría Técnica a cargo del MDSF; una Red Nacional Agenda 2030, que incluye representantes de todos los Ministerios, los tres poderes del Estado y organismos autónomos y es coordinado por la SEGPRES, con apoyo de la Secretaría Técnica. Además, los Grupos de Trabajo Social, Económico, Ambiental y el Grupo Sectorial de Indicadores (DS N° 67, MINREL, 2019). 

Durante el proceso participativo, se recalcó que la gobernanza debe ser actualizada, para facilitar la gestión efectiva y articulada entre diversos actores, con el objetivo de facilitar la implementación de las acciones propuestas en la estrategia y el involucramiento de todas las partes interesadas en el desarrollo sostenible del país.

En los diálogos realizados se enfatizaron tres desafíos en este ámbito. El primero se refiere a la necesidad de una institucionalidad que considere un trabajo con múltiples actores, como la inclusión de organizaciones representativas de la sociedad civil, el sector privado, la academia y grupos prioritarios en la gobernanza. El segundo desafío trata sobre la descentralización y el avance territorial del proceso de implementación, incluyendo la participación de gobiernos regionales y municipios en la gobernanza, y la creación de consejos regionales para propiciar el acceso a información en los distintos niveles territoriales. El tercer desafío se enfoca en la promoción de la participación social, incluyendo una participación inclusiva y paritaria en cada instancia y la incorporación del enfoque de género.

Para responder a los desafíos antes planteados, se actualizará la gobernanza de implementación de la Agenda 2030.